TCGA癌症临床图表资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，乳小肠癌症遗传物质布谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划书以多形某种程度中空母巨噬细胞结节（GBM）、肝粒状巨噬细胞癌症（LUSC）和卵巢浓缩某种程度囊小肠癌症（OV）开始为期3年的试点单项，2009年~2015年上半年展开。到单项上半年，TCGA网络研究工先为工先为者已描绘成了33种乳小肠癌症种类10,000余亦然眼疾变的水分子基本特征，并判别了很多水分子免疫球蛋白。TCGA都有的诊疗关键基本特征代备注众所周知的数据资料采集。为确保恰巧确适用这些极强遗传物质基本特征的海量诊疗数据资料，最近TCGA进行时一批重大成果，撰写在CellPress旗下的期刊。

本文对4年初5日撰写Cell上的一文同步进行编译。篇文章阐述以OS（总一共存期）、PFI（无重大突破数间隔）、DFI（无眼疾数间隔）和DSS（眼疾症相关只剩）为四个主要诊疗结果三站的TCGA泛乳小肠癌症诊疗数据资料教育资源（TCGA-CDR）通用数据资料库，并给成了每种乳小肠癌症种类的三站适用决定。TCGA诊疗数据资料可从遗传物质数据资料一共享空数间（GDC）门户网站下载，所有的水分子数据资料在下载。诊疗数据资料和水分子数据资料适用最大值得注意的明信片形态，便于眼疾变的诊疗资料和取样水分子数据资料构建。

TCGA泛癌症数据资料库数据流基本特征

布1A为诊疗数据资料构建和统计分析方法及4个主要诊疗三站衍生和指标的流程布,对33份初始申领和97份后续数据资料文件，一共33种乳小肠癌症种类111,60亦然乳小肠癌症眼疾变的资料同步进行了处置。备注1为每个TCGA数据流的大体上。按原发取样根据水分子基本特征选入每个数据流，皮肤黑色素结节（SKCM）的原发和移往灶两种种类都有，其它极少数的原发与移往种类也有研究工先为。

布1. 诊疗数据资料构建和统计分析方法及4个主要诊疗三站衍生和指标流程布

备注1. TCGA 泛癌症数据流基本特征

诊疗结果三站OS、PFI、DFI和DSS

总一共存期（OS）很不可忽视，实用性是判别OS惨剧时模糊某种程度最低。但适用OS先为三站不太可能削弱诊疗研究工先为，因为非癌症死法不一定能反映成遗传学、侵扰某种程度或对疗法缓和。适用OS或无需更长的随访时数间；很多诊疗试验之前，一般而言选用相对随访时数间较短的DFI或PFI。针对现有TCGA诊疗数据资料，要认清某种程度诊疗随访数间隔在侵扰某种程度乳小肠癌症种类结果的不可忽视某种程度，因为不太可能几年内就捕捉到到诊疗惨剧，在幸存者当年已成现眼疾情患上或重大突破。对侵扰某种程度较弱的乳小肠癌症种类，眼疾变在数十乃至几十年后患上，随访期数间不太可能无法捕捉到足够惨剧以支用者精确结果供判断。该统计分析的最终目标是健康检查TCGA泛癌症诊疗检查的相对优势和偏低，督导不曾来的统计分析和避免随访数间隔时数间偏低等缺陷。

统计分析全部TCGA诊疗数据资料后，结论如下：在数据资料可给予时，OS、PFI及DFI相对直观，但同样情况只能估计DSS。布1B为33种大致相同乳小肠癌症种类的OS K-M曲率。尽管一共存统计分析不是TCGA主要目标，同样乳小肠癌症种类一共存曲率与过去指标大致相同一共存三站的独立自主研究工先为基本大致相同，GBM、OV（2008, 2011）和低级别中空结节（LGG）（2015）的TCGA结果就是毫无疑问亦然证。PFI、DFI和DSS的K-M曲率见布1C–1E。

布1 B-E诊疗数据资料统计分析

基于每种乳小肠癌症种类4个三站的捕捉到时数间量度平均随访时数间及惨剧或健康检查的之前位时数间（备注2）。所有的之前位随访时数间为22.1个年初，但大致相同种类乳小肠癌症该时数间不同极大；GBM和急某种程度髓系白血眼疾（LAML）最短约12个年初，而小肠嫌色巨噬细胞癌症（KICH）最长约48个年初。

备注2 总体之前位随访时数间及4个三站的惨剧与捕捉到之前位时数间

破例适用的诊疗结果三站

诊疗结果三站选择取决于研究工先为目标、惨剧无需求量、数据流大小和结果数据资料质量。将这些方法和开发新设计的其它方法先为为对单个眼疾症数据资料库的测试和缺少健康检查，给成在每种眼疾症种类之前适用每个结果三站的决定及主因（备注3）。每种乳小肠癌症种类的一共存三站无需要有数通过一个主要测试和缺少健康检查才被不感兴趣。33种癌症之前的13种适用全部4个三站：小肠尿路上皮癌症（BLCA）、睾丸粒状巨噬细胞癌症（CESC）、结肠癌症（COAD）、食管癌症（ESCA）、头颈部粒状巨噬细胞癌症（HNSC）、小肠状巨噬细胞癌症（KIRP）、肝小肠癌症（LUAD）、LUSC、OV、胰小肠癌症（PAAD）、肉结节（SARC）、胃小肠癌症（STAD）和子宫心理疾病症（UCEC）。反之亦然，没有人一个三站的有嗜铬巨噬细胞结节和副神经节结节（PCPG）。小肠散发成大B巨噬细胞小肠结节（DLBC）、LAML和胸腺结节（THYM）数一个三站；剩余乳小肠癌症种类2或3个三站，但其之前一些用者看法。最精确的是PFI，可无保留地破例给除LAML（无数据资料）、DLBC和KICH（小心谨慎适用）和PCPG（不破例）外的4种。

备注3 三站OS,PFI,DFI及DSS的指标与破例适用

可验证TCGA-CDR及案亦然运用于

在乳小肠癌症研究工先为之前，荷尔蒙ER阴某种程度眼疾变诊疗一共存期肾功能比ER+眼疾变顶多。分别用OS、PFI、DFI和DSS来得这两类眼疾变的一共存期（布3A–3D；曲率上半年于10年随访时数间，但适用整个数据资料库同步进行统计分析）。单各种因素统计分析推断，适用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）先为为诊疗三站，TCGA之前ER+乳小肠癌症眼疾变比ER-眼疾变有很好的一共存期，但适用OS时两类眼疾变数间不假定不同(p = 0.097) 。此外，两类眼疾变的DSS（p = 0.009）有非常大不同，备注明DSS的潜在价最大值。以上见到猜测了PFI和DFI是特定种类乳小肠癌症水分子研究工先为的更好三站。

布3 可验证和运用于实亦然

此外还可验证了侵扰某种程度GBM一共存结果三站。TCGA之前GBM之前位OS为12.6个年初，介于此当年报道的准则疗法的12.1个年初和准则疗法联合替莫唑胺的14.6个年初数间。之前位PFI是6.1个年初，介于此当年报道的准则疗法5个年初和准则疗法联合替莫唑胺的6.9个年初数间。显然，TCGA数据资料库OS和PFI惨剧时数间与文献反之亦然。再次印证OS和PFI先为为GBM水分子研究工先为的诊疗三站效度。

用Cox比亦然高风险重归数学模型确定高期（III、IV期）相对低期（I、II期）乳小肠癌症眼疾变的高风险比（HR），可验证4个三站的TCGA-CDR数据资料。由于DFI判别与其它结果的判别不反之亦然，对破例适用OS、PFI和DSS的14种种类乳小肠癌症来得logHR（备注3）。随后数对考虑到Cox比亦然高风险假定的眼疾症同步进行人口统计（布3E–3G）。得成，14种种类乳小肠癌症之前，除数间皮结节（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素结节（UVM）外，高期对比低期HR在3个破例三站OS、PFI及DSS上微小偏高。选用配对取样的Wilcoxon秩和检验，当适用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测时，logHR有非常大不同，推断眼疾症重大突破和一共存三站在HR上假定系统偏顶多；OS与DSS数间没有人非常大不同（p = 0.106）。对2个logHR最大值的准则误同步进行逆加权平均确定Pearson绝对最大值， 由logHR估计的3种结果有极非常大恰巧相关：PFI和OS绝对最大值0.96（95%置信区数间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区数间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区数间：0.61–0.98）。这些相关某种程度潜在支用者诊疗一时期用PFI，后期用OS和DSS来先为三站。

除了构建水分子数据资料，还设法统计分析首次疗法后无眼疾眼疾变与非无眼疾眼疾变否成现大致相同的新惨剧。TCGA-CDR之前29类乳小肠癌症数据使用妥善解决该原因，纳入眼疾变从诊断到进行时首治并达到无眼疾静止状态有数只剩3个年初。以LUSC为亦然，有289亦然无眼疾眼疾变和41亦然仍然非无眼疾眼疾变，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比亦然高风险重归数学模型，见到在非无眼疾眼疾变之前NTE高风险非常大高于无眼疾眼疾变（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变更q最大值＜0.05）。在另外21种乳小肠癌症种类之前也有近似于结果（备注4）。都已7种之前没有人捕捉到到这些不同。我们也在指标否每个数学模型都考虑到比亦然高风险假定，其之前有两个不符合，无需要研究工先为时数间依赖及多常量数学模型来追寻主因。

备注4 非无眼疾与无眼疾眼疾变NTE拓展对比

TCGA从在世界上数百个接入采集眼疾变，为妥善解决诊疗数据资料大致相同接入数间的可比某种程度，无需回避数据资料最大值得注意某种程度、和眼疾变基本特征等。对每种眼疾症而言，我们对比了当年两名给予眼疾变数最多的的组织来源接入（TSS）与所有其它TSS的同种眼疾症及4个结果三站（备注5）。

备注5 对来自当年两位TSS的每个乳小肠癌症种类研究工先为结果同步进行来得

对于GBM等极极强侵扰某种程度的，当年两位TSS（#1和#2）的发眼疾年轻人与其它TSS相较近似于的有OS、PFI和DSS，因惨剧太少难以统计分析不破例DFI来先为三站。BRCA等低侵扰某种程度，强而有力破例适用PFI和DFI，但决定小心谨慎用OS或DSS指标。TSS #1的诊疗数据资料转化成极好的OS和DSS，但没有人捕捉到到PFI不同；另外，备注面上TSS#1有很好的DFI结果，数成现3亦然 DFI惨剧。这种备注里不一的震荡备注明该接入的结果数据资料无需实质性指标。另一全面性，TSS #2的4个三站结果与其它地方反之亦然。

这个简单的结果来得备注明，当从特定结果统计分析形态上TCGA的诊疗数据资料时，无需要回避TSS的实际数据。由于平均年龄、分期/分级及疗法等各种因素影响大致相同TSS患眼疾年轻人的三站结果，TSS可以先为为这些和不完全诊疗批注等其它不曾测不同的替代。

潜在的混杂各种因素、竞争结果的

高风险及数学模型假定

对诊疗一共存三站统计分析来说，决定适用所处置的全部诊疗数据资料。但相较水分子/遗传物质数据资料的构建统计分析，要忽略两个全面性。首先，破例异议基于较宽一共存数学模型，以水分子免疫球蛋白先为数据分析系数划分取样集，有不太可能破坏结果人口统计的非常大某种程度不同。因此，从面对面关连的TCGA水分子数据资料或免疫球蛋白TCGA-CDR结果数据资料之前得成的结论无需在独立自主的数据资料库之前实质性猜测。

第二，我们决定数适用原发的水分子数据资料，因为眼疾变初诊时，不可忽视时数间数据等比如说的诊疗数据资料已采集相对最大值得注意。皮肤黑色素结节（SKCM）在TCGA种类之前非常独有，470亦然之前数103亦然原发，其余296亦然为原发局部小肠结移往，68亦然近端移往。这与仅仅采集到移往结节的其它TCGA乳小肠癌症种类形成巨大变化。SKCM移往结节仅仅极强有比如说的原发，而其它TCGA乳小肠癌症种类尽管仅仅有移往结节，但都极强有比如说的原发取样。因此，对于SKCM结果的相关某种程度，决定只适用极少无需求量的原发眼疾变，尽管SCKM小肠结移往的III期眼疾变可先为为独立自主组群同步进行研究工先为。

在适用新构建的TCGA-CDR数据资料库时，还无需要忽略：潜在混淆各种因素、竞争结果的高风险及数学模型假定。

混杂各种因素

混杂各种因素假定但被回避到在数学模型除此以外时，偏顶多不太可能高估或忽略真实。如在乳小肠癌症的族裔不同研究工先为之前，美国黑人与黑人眼疾变数间假定不可忽视的基因备注达不同，然而根据水分子免疫球蛋白同步进行变更后，这种不同非常大提高甚至消亡。治果也是潜在的混杂各种因素，当数据可获取时应适当回避变更。疗法不曾知时，平均年龄、诊治该医院及诊断最迟等准则疗法先为为替代数据能提高大部分误顶多。对这全面性的决策建模，鼓励适用遥相呼应肾功能研究工先为决定报告（REMARK）。

竞争结果的高风险

测量DSS、DFI和PFI三站时，要对没有人漫长不可忽视惨剧且无眼疾的幸存者眼疾变同步进行审查。在这种情况，如果假定眼疾变没有人其它死法，那她/他最终仍不太可能死于乳小肠癌症指征。然而，在估计疗法等数据分析系数对继发某种程度乳小肠癌症或心血管眼疾症等非指数乳小肠癌症幸存者高风险的数据分析灵活性时，该假定并不可取。

数学模型假定

运用于Cox比亦然高风险（PH）数学模型才会健康检查PH假定。都是案亦然外，大同样数学模型都考虑到Cox PH假定，但无需实质性探索这些个案以找成违背假定的主因，从而对HR来先为成更准确的估计。尽管现在为清除数据资料和妥善解决原因付成了巨大努力，但仍假定不可忽视的适用上限，成访TCGA诊疗数据资料都才会了解这些上限。

首先，TCGA主要是为水分子研究工先为新设计，最初眼疾变选择来自多个机构极强有更好库存的组织的不曾疗法原发眼疾变，因此这些眼疾变不构成连续某种程度。此外，对于每种大致相同种类/研究工先为，随访数据资料没有人统一采集。同时，诊疗数据资料采集的一些的系统在过去不得不随着时数间的流逝而反之亦然。TCGA - CDR不都有乳小肠癌症疗法史，并非所有眼疾变都被批注。因此，统计分析特定种类或免疫球蛋白的疗法背景优于概况某种程度泛癌症统计分析。当眼疾变同步进行实际疗法时，受益能用DFI和PFI三站有效统计分析。

其次，TCGA取样诊疗随访根据当地诊所的时数间备注，不太可能为眼疾症或特定部位的患上和眼疾人不可忽视生命静止状态的就有，因此没有人TCGA指定的诊疗随访计划书，数给成单项主要凸显的水分子基本特征。

终于，几乎所有TCGA给予的取样和遗传物质及水分子数据资料来自新诊眼疾变原发的单个切片，由此转化成的遗传物质和水分子数据资料无法在空数间或时数间任何全面性明确逃逸代备注另一眼疾变结果常量的异质某种程度。该原因不是TCGA独有的，任何静态原发某种程度研究工先为都假定。

展望

这项工先为是有史以来第一次上半年新方法处置TCGA泛癌症诊疗资料。由此转化成的TCGA-CDR的结果三站与独立自主非TCGA研究工先为结果反之亦然，陈述该教育资源在空当年现有的诊疗尺度上给予了有机体观察新视角。也要认清TCGA-CDR的内在适用局限某种程度及关键某种程度督导和破例异议。现在非常明晰，人类眼疾症不曾来大现有的水分子研究工先为才会新方法采集诊疗眼疾理、疗法和转归惨剧数据资料，以坚用者高达准则的诊疗研究工先为。尽管有其局限某种程度，TCGA-CDR给予了通用数据资料库，以及清晰的4个诊疗结果三站导成，并妥善解决了质量原因，从而在泛癌症和个体水准上同步进行转化研究工先为。不曾来数据资料研究工先为的相结合将减低结果数间的可比某种程度，很好地解释和支用者重复。

参考资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics